Am 6. Oktober 1939 verkündete Adolf Hitler in einer Rede vor dem Reichstag die „Heimholung“ der deutschen Minderheiten im Osten. Hintergrund war der Hitler-Stalin-Pakt mit der Sowjetunion, in dem Osteuropa zwischen den Diktatoren aufgeteilt wurde. Die NS-Spitze entschied sich, die deutschen Minderheiten aus dem der Sowjetunion überlassenen Gebieten unter  dem Deckmantel „Heim ins Reich“ in die von Polen annektierten und besetzten Ostgebiete umzusiedeln.

Am 28. September 1939 wurde auf Druck der Sowjetunion ein Akommen mit Estland abgeschlossen, in dem der Roten Armee Stützpunkte eingeräumt wurden. Nachdem die Führung der baltischen Deutschen durch reichsdeutsche Stellen über die bevorstehende Umsiedlung informiert wurden, wuchs die  Befürchtungen vor einem baldigen Einmarsch der Roten Armee und Bedrohung der deutschstämmigen Staatsbürger in Estland.

Am 9. Oktober 1939 erfolgte der Aufruf zur Umsiedlung durch die Spitze der deutschbaltischen Führung in Lettland, am 14. Oktober 1939 folgte ein Aufruf die Führung der Deutschbalten in Estland. Das Deutsche Recih schloß in der Folge am 15.10.1939 ein Protokoll mit dem estnischen Staat über die Umsiedlung der deutschstämmigen Staatsbürger Estlands, gefolgt von einem Vertrag mit Lettland am 30. Oktober 1939 über die Umsiedlung der lettischer Staatsbürger deutscher Volkszugehörigkeit.

Nach diesen Verträgen waren neben deutschen Vereinen auch alle deutschen Kirchengemeinde bis Ende 1939 aufzulösen. Zwischen Oktober und Dezember 1939 liquiderten sich demgemäß die meisten rein deutschen Gemeinden sowie Beichtkreise innerhalb deutsch-estnischer Gemeinden. Der Großteil der deutschbaltischen Pastorenschaft wurde auf eigenen Wunsch hin aus Ihrer Ordination durch die Spitze der ev.-luth. estnischen Amtskirche entlassen.

Über den 31.12.1939 hinaus verblieben in Estland eine Anzahl deutschbaltischer Pastoren, die von estnischen Gemeinden als Pastor gewählt waren und bei ihren Gemeinden blieben, Deutschbalten, die trotz der Gefahr der bolschewistischen Okkupation der Heimat die Treue halten und nicht dem Ruf Hitlers folgen wollten. Darunter auch Pastoren, die die geistliche Betreuung der verbliebenen deutschsprachigen Lutheraner übernahmen.

In Tallinn/Reval wurde Pastor Carl Herbert Hausen auf die freiwerdende Pastorenstelle in der Nikolaigemeinde.berufen. Besonders in der Nikolaigemeinde sammeln sich die verbliebenen Deutschbalten. Der Gemeindevorstand unter der Leitung von Fabrikbesitzer Martin Luther klagte gegen die Auflösung der Gemeinde.

In Võru/Werro verbleibt ein deutschbaltischer Pastor. Aus Lettland wissen wir vom Überlebenskampf der reformierten Gemeinde in Riga, des weiteren verblieb in Liepaja/Libau ein deutschbaltischer Pastor.

Als 1940 die Sowjetunion die baltischen Staaten völlig bestetzte und annektierte, waren die Lebensbedingungen für die verbliebenen Deutschbalten derart schwer geworden, dass baltische Kreise im Deutschen Reich für eine sogenannte „Nachumsiedlung“ intervenierten. Das öffentliche deuschsprachige kirchliche Leben kommt bis zum Einmarsch der Wehrmacht nahezu zum Erliegen.

Während der deutschen Besatzungzeit versammlen sich  verbliebenen Deutschbalten, Lutheraner unter den deutsche Wehrmachtsangehörigen sowie Zivilverwaltungsmitarbeitern als Trinitatisgemeinde, die ihre Gottesdienste in der schwedischen St. Michaelskirche abhält. Auch in Tartu/Dorpat werden bis Ende Juli 1944 in der Johanniskirche vom estnischen Pastor deutschsprachige Gottesdienste für deutsche Wehrmachtsangehörige und Zivilbeamte in deutscher Sprache abgehalten.